Anal fistül tedavisinde en etkili yöntem fistül hattının açılması anlamına gelen fistülotomi ameliyatıdır. Basit (alçak) fistüllerde ciddi yan etki olmadan başarı sağlayabilir. Fakat yüksek fistüllerde uygulanması halinde gaz ve/veya dışkı tutamama ile sonuçlanabilir.